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衛生署於 2005年在疾病管制局設立國家衛生指揮中心，並在全台設有 6個中心，互相聯繫，藉由完善的軟硬體功能與暢通的聯絡通訊系統，建構完整的資訊平台，以因應疫情發生時，全國能快速、有效地來進行防疫措施。

　隨著國際交流的日益頻繁，傳染病的全球傳播已成為非常重要的公共衛生議題，而國內近期因 SARS、登革熱、腸病毒等新興傳染病疫情不斷發生，使得國人健康也遭到極大威脅。
　疾管局表示，自 2005年中，即開始建置疫情倉儲資訊系統，整合各個防疫資訊系統資料，並新開發及增修各項線上即時分析資訊系統，其中包括疫情地理管理資訊系統、傳染病統計資料查詢系統、即時疫情監視及預警系統等。

　疾管局表示，自去年 8月起則是著手建置流行疫情決策支援系統，並整合各項疫情資訊，一旦疫情發生時，防疫人員可以立即瀏覽各項相關疫情資訊，以增加防治工作效率，並可減少防疫人員分別至各系統下戴資料進行疫情分析，彙整及研判的時間。

　疾管局指出，為了戰時防疫人員能獲得最新之訊息，系統許多疫情資訊皆採即時更新，包括最新流行趨勢圖、戰報、個案地理分布、疫情流行趨勢預測等，都可使進駐人員得以最快速的方式取得所需資料，大幅減少人工彙整疫情資訊之時間。

　最近腸病毒疫情也在蠢蠢欲動，疾管局其實已於今年 6月 10日正式成立「腸病毒中央流行疫情指揮中心」；該局指出，在此期間，防疫系統即多次協助防疫人員在第一時間交付決策者所需之資訊，使進駐人員的防疫效能顯著的增加。

　疾管局表示，未來此系統將投入更多的疫情防治工作，期能提升我國的防疫量能，並能快速的遏止疫情擴散，保障民眾遠離各種法定傳染病的侵襲。